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GNUPLOTは媒介変数表示もサポートしています。
媒介変数表示で円を描くには以下のようにします。
set size ratio -1 set parametric plot cos(t), sin(t)
コマンドの最初の行は、XとYの目盛を同じにするためで、真円を描くようにします。
描画例