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Windows版 GNUPLOT は既定で Windows のエンコーディングに従うようで、
 
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日本版 Windows 10 + gnuplot 5.01 では、既定で SJIS になります。
 
日本版 Windows 10 + gnuplot 5.01 では、既定で SJIS になります。

2015年8月5日 (水) 05:10時点における版

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Windows版 GNUPLOT は既定で Windows のエンコーディングに従うようで、 日本版 Windows 10 + gnuplot 5.01 では、既定で SJIS になります。

但し、コンソール上で日本語を使うと文字編集にいろいろと不具合があるため混乱します。 ファイルでスクリプトを編集して load するとよいでしょう。

オプション encoding を使うと、スクリプトファイルのエンコードに gmuplot を合わせることができます。 UNICODE を利用するなら

set encoding utf8

とスクリプトの先頭に書いておけば OK です。